建设工程合同是一种特殊的服务合同，对于双方来说都存在风险。因此，为了保障合同的有效性和双方权益，需要在合同中明确约定违约金和逾期利息的计算方式。本文将从违约金和逾期利息的概念开始，详细阐述建设工程合同中违约金和逾期利息的计算方法，以及应该注意的问题。

一、违约金

违约金是指在建设工程合同中约定的，当我方未履行合同义务或违反合同条款时，向对方支付的一定金额的赔偿。通常情况下，合同中规定了违约金的种类和计算标准、支付方式等。

合同中违约金的种类一般有以下几种：

（1）固定违约金：在合同中固定一个数额，作为违约方应支付的违约金。这种形式对于甲方来说较为有利，因为可以在合同签订时就确定违约金的数额，避免了后续的纠纷和争议。

（2）溢价违约金：约定违约金并按完工金额的一定比例加收，这种方式更侧重于保护乙方的权益。因为乙方会因为甲方的违约而负担额外费用，所以溢价违约金能够弥补乙方经济上的损失。

（3）递增式违约金：即逐步加重赔偿责任的违约金方式。例如在合同中规定未按期交工扣除1%，每逾期1天加收另外1%，逾期2天加收2%，以此类推。

在计算违约金时，需要注意以下几点：

（1） 某些违约行为只是违约，并非涉及到实际损失，如违反合同中的礼节性规定。在这种情况下，违约金不应该超出合理的范围。

（2）当双方都违约时，需要分别计算双方的违约金，并根据实际情况进行协商，共同承担违约责任。

（3）在合同中约定的违约金是最高限额，如果实际损失超过了约定违约金的上限，另一方依然可以主张赔偿超过违约金部分的其他损失。

二、逾期利息

逾期利息是指甲方或乙方在对方提出后要求支付的款项逾期未支付的情况下，按照一定利率向对方支付的利息。逾期利息的计算方式，通常可以按照以下三种方式进行：

（1）按照逾期天数和固定利率计算。即约定一个利率，乘以逾期天数和应付款项，得出逾期利息大小。

（2）按照逾期期限和递增利率计算。即在一定时间之内递增利率，例如7天内按2%计算，7天以上按4%计算。

（3）按照实际日利率计算。即日利率等于年利率除以360，再乘以逾期天数和应付款项。在计算实际利率时，需要考虑到国家法律规定的最高利率和最低利率。

那么，对于违约行为和逾期款项，应该如何计算违约金和逾期利息的付款时间呢？

（1） 违约金的付款时间：通常是在发生违约行为之后，一次性或分批支付，让乙方可以第一时间获得经济上的补偿。

（2）逾期利息的付款时间：在合同中应该规定明确的逾期付款时间，并约定逾期期限，加快乙方获得经济赔偿的时间，减少不必要的争议。

总之，建设工程合同中违约金和逾期利息的计算方式需要根据实际情况确定，以避免发生争议。同时，在签订合同时，双方应该特别关注约定可能存在的问题，并在签订之前对该问题进行合理约定，提高合同的有效性与约束力，避免未来出现纠纷和损失。