近日，公司发现员工挪用公司资金的问题，作为公司的法律顾问，我们建议公司与该员工协商分期支付的协议书。以下是该协议书的草拟：

协议书

甲方：（公司名称）

乙方：（员工姓名）

根据甲乙双方自愿，经友好协商，就乙方因挪用甲方公司资金所产生的欠款事宜达成如下协议：

一、背景

1. 乙方在工作中因个人原因，挪用了甲方公司资金，导致甲方公司损失。

2. 甲乙双方均希望通过协商解决该问题，并达成双方均能接受的协议。

二、偿还方案

1. 乙方承认自己挪用了甲方公司资金，对此感到深表歉意，并愿意承担相应的责任和惩罚。

2. 甲乙双方经密切协商，拟定了款项偿还计划，具体如下：

（1）乙方需要每月还款10,000元，为期12个月。

（2）乙方需按照以上计划如期归还全部债务。

三、违约责任

1. 如果乙方未按照协议规定及时履行还款义务，甲方将有权将该笔款项一次性清偿并采取法律途径追究其法律责任。

2. 如果甲方未按照协议规定及时提供清偿条件，乙方将有权保留采取法律途径追究其法律责任的权力。

四、其他约定

1. 本协议一经签署生效，具有合同效力，双方必须严格按照协议要求履行义务。

2. 本协议未尽事宜，可以经甲乙双方协商后另行补充完善。

3. 本协议一式两份，甲、乙双方各执一份，具有同等法律效力。

本协议自甲、乙双方签署之日起生效，期满后终止。

甲方（公司名称）： ____________　　　　　

签署时间： ____________

乙方（员工姓名）： ____________　　　　　

签署时间： ____________

以上是本次建议的协议书草拟。为了避免以后产生不必要的纠纷和损失，公司应当尽快与员工协商并签署相关的协议书，以保障双方的权益。以下是相关原因分析和解释：

1. 避免纠纷

如果公司没有采取相关的法律方案，或者仅仅采取了行政处罚的方式，那么在以后的工作中，如果公司再次发现员工类似的问题，员工会觉得这只是公司的一种管理手段，很难根治问题。

2. 保证损失最小化

如果公司采取了恰当的解决方案，那么将会使公司利益受损的程度降到最低。同时，还能保证员工还款的能力和意愿，从而尽可能地保障公司的利益。

3. 保障双方权益

该建议的协议书草拟是基于甲乙两方的友好协商，并且在考虑到双方权益的基础上制定的，所以双方都应该严格按照协议履行，从而保障自己的权益。