是的，公积金贷款逾期会自动扣款。

因为当借款人选择公积金贷款时，就已经同意了公积金贷款合同中的相关条款和约定，其中就包括了贷款逾期的处理方式。根据公积金贷款合同，如果借款人逾期未归还贷款，公积金中心有权利根据约定自动扣款。

那么在贷款逾期之前，公积金中心会提前通知借款人，告知还款逾期的情况，并提醒借款人尽快归还贷款。借款人在接到通知后，应尽快归还贷款，以避免逾期产生的负面影响。

如果借款人无法及时归还贷款，公积金中心将会按照合同约定自动扣款。这样做可以保证公积金中心的资金安全，同时也保护了借款人的信用记录。

当然，如果借款人在逾期之前主动联系公积金中心并达成一定的还款方案，公积金中心也会考虑并接受借款人的还款方式。但是借款人依然需要遵守合同中的逾期还款相关约定，并承担相应的违约责任。

在以上情况下，借款人需要意识到自己在使用公积金贷款时承担的法律责任。公积金贷款合同是双方约定的法律文件，借款人必须遵守其中的相关条款和约定。在发生逾期还款时，公积金中心有权利按照合同约定处理，借款人需要承担相应的违约责任，包括但不限于影响个人信用记录等。