融资租赁是近年来发展迅速的金融行业，它不仅能给企业提供融资服务，提高企业的运营能力，还能让企业在长期经营中获取更多的利益。但是，随之而来的逾期问题一直困扰着这个行业，而一个常见的问题就是融资租赁逾期90天后，利息收入缴纳增值税是否合法？

首先，需要明确的是，根据中国的法律法规，所有金融机构收取的利息都需要缴纳增值税，融资租赁公司也不例外。而对于融资租赁逾期90天的情况，可以根据《财政部、国家税务总局关于贯彻实施《中华人民共和国增值税法》若干问题的通知》中的规定，将逾期利息的增值税记在当期应纳增值税中，算作当期的增值税应纳税额。这样的规定既符合财税法规，也能让企业遵纪守法，合法经营。

但是，尽管这样的缴纳方式是合法的，但也正是因为逾期还款的情况时有发生，才会导致融资租赁公司需要缴纳更多的增值税，从而增加了企业的财务成本。因此，融资租赁公司在进行合同签订时，需要在约定中明确逾期还款的利息缴纳规定，以避免逾期还款给企业带来的经济损失。

总之，对于逾期还款的利息缴纳增值税这一问题，融资租赁公司需要严格按照税法规定缴纳税款，遵纪守法，同时也需要在合同约定中明确逾期还款的各项规定，以降低企业的财务风险。