随着社会经济的不断发展，人们的消费水平也不断提高。许多人为了满足自己的生活需求而选择申请支付宝借呗，这种新型的消费方式提供了一种方便快捷的借款平台。但是随之而来的还款问题也变得越来越复杂，特别是当借款者逾期还款时，会不会影响其公积金还款呢？

首先，需要明确的是，支付宝借呗和公积金还款是两个完全独立的系统。支付宝借呗的逾期还款并不会直接影响到公积金的还款情况。目前，公积金的还款大多是以银行代扣的方式进行，当还款人的账户余额不足时，银行会自动进行逾期处理。因此，逾期还款只会影响到支付宝借呗本身的信用记录，而不会对公积金还款造成影响。

但是，如果逾期还款时间过长，可能会对个人的信用记录造成重大的损害，导致其在未来的借款或者贷款审批过程中遭受拒绝。在这种情况下，若借款者需要向银行申请个人贷款，其逾期还款的情况将很可能被银行考虑在内，从而影响其贷款申请的成功率。

因此，作为借款者在选择支付宝借呗时，必须要认真考虑还款能力并按时还款，以免拖欠债务导致信用记录受损。同时，在申请公积金贷款时，银行也会根据借款人的信用记录进行审批，若信用记录低于一定分数，则可能影响其贷款的申请和贷款额度的审批。

综上所述，支付宝借呗逾期还款不会直接影响到公积金还款，但是可能会对个人的信用记录造成重大的损害。借款者必须认真考虑还款能力并按时还款，以保证自身的信用记录和贷款审批成功率。