是的，协商还款二次分期的收费与贷款金额有关系。 这是因为收费是根据借款金额而定的。一般来说，贷款金额越大，协商还款二次分期的收费也就越高。

其具体原因有以下几点：

第一，协商还款二次分期的收费是根据延期天数计算的。当贷款金额较大时，客户需要延长还款期限，因此会产生更多的延期天数和利息，进而导致收费金额增加。

第二，贷款金额越大，银行或贷款机构所承担的风险也就越大。为了规避贷款违约的风险，银行或贷款机构可能会收取更高的协商还款二次分期费用。

第三，不同的银行或贷款机构对协商还款二次分期的收费标准可能存在差异。因此，借款人在选择银行或贷款机构时，应该仔细比较不同机构的收费标准，选择最优惠的方案。

需要注意的是，需要严格按照协议约定进行还款，否则可能会面临法律的后果。如果借款人延迟还款或违约不还款，则银行或贷款机构有权采取法律措施追回欠款，并可能会影响借款人的信用记录和信用评级。因此，借款人在借款前务必要审慎考虑自己的还款能力，并且遵守协议约定。