在商业交易中，当甲方未能按照合同约定时间支付货款或履行其他义务时，乙方通常有权向甲方收取逾期利息或违约金以弥补其因此而遭受的损失。然而，在某些情况下，合同未明确约定逾期利息但却约定了逾期违约金，这是否合法？

首先，需要明确逾期利息和违约金的概念。逾期利息是指甲方未按合同约定时间支付货款等款项所导致的款项增加，这是一种补偿性质的费用。而违约金则是约定在合同中，甲方未能按时履行合同义务时应向乙方支付的一定数额的费用，其本质是一种约定性的损失赔偿。

根据相关法律法规，逾期利息和违约金都是合法的。对于逾期利息，民法咨询应回复指出：“当有逾期发生时，按照合同约定的逾期利率计算逾期利息，应属于合法。” 而对于违约金，《合同法》将其列入了违约金范畴，规定：“当事人可以在合同中约定违约金。约定违约金的，违约方应当按照约定支付违约金，但除非违约金显然过高，不应当请求减除。”

然而，如果合同未约定逾期利息而仅约定逾期违约金，那么这是否合法呢？

就目前法律来看，合同未约定逾期利息而仅约定逾期违约金是合法的。因为，逾期利息是补偿性质的费用，而违约金则是对于违约方的惩罚性费用，二者之间不同性质不同，不可混淆。前者是双方自由约定或法定约定的金额；后者是一种特殊情况下，损失的补偿和违约方的惩罚的一种约定。在法律制度中，这两种费用的约定属于不同的法律范畴，各自具有不同的法律效力。

因此，对于商业交易中合同约定问题，建议合同当事人应当谨慎合理的约定逾期条款，确保约定的合法性、合理性和合适性，以免引起争议。特别是在涉及逾期费用的约定方面，应当严格按照法律法规的规定，以及公平公正诚信原则、自愿原则、优先重视实质法律关系原则来设计约定。