不会。根据《中华人民共和国合同法》第二十九条规定，当事人不能单方面变更或者解除合同。因此，苏宁小贷在未经借款人同意下，不得擅自取消催收短信通知并继续扣款。如果借款人已经支付了应还款项，但是苏宁小贷仍然扣款的话，这明显违反了合同法，是无效的。

除此之外，根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百一十三条、第一百一十四条授权，如果借款人认为扣款是错误或者违法的，可以向人民法院提起诉讼。如果判决结果认定苏宁小贷的扣款行为是违法的，苏宁小贷需要退还借款人已扣除的款项。

进一步分析原因，苏宁小贷取消催收短信通知后，仍然自动扣款的行为，可能出现以下两种情况：一是出现了系统故障或者技术错误，需要进行修复。二是出现了工作人员的操作错误或者故意违反规定，需要进行纠正。不论是哪种情况，苏宁小贷都需要承担相应的责任，如果造成了借款人的损失，还需要赔偿相应的损失。

最后，从法律的后果角度分析，苏宁小贷如果擅自扣款的话，不仅可能造成违约，也可能构成侵权行为。如果借款人因为此事向法院提起诉讼，苏宁小贷不仅需要承担退还应该退还的款项和支付相应的赔偿金的责任，同时也会受到有关监管部门的处罚。

结论：苏宁小贷取消催收短信通知后，擅自继续扣款的行为是无效的，不会继续扣款。如果发生了这种情况，借款人可以依据合同法和民事诉讼法，采取法律手段予以维权。