是，小米金融逾期三个月后需要支付违约金。

根据中国《民法总则》以及《合同法》，借款人逾期还款，应当支付违约金。特别是小米金融公司的服务条款中明确规定，借款人逾期还款需支付逾期违约金，其中逾期1-30天需支付本金的1%作为违约金，逾期31-60天需支付本金的2%作为违约金，逾期61-90天需支付本金的3%作为违约金。

无论是从法律层面还是从合同约定层面，小米金融逾期三个月后需要支付违约金都是毋庸置疑的。

而且，小米金融逾期还款不仅需要支付违约金，还可能会产生更为严重的后果。如果借款人恶意逃避还款，小米金融公司有权采取法律手段催收债务，如申请法院强制执行、对借款人财产进行查封、冻结等，甚至可能会影响到借款人的信用记录。

综上所述，不仅是小米金融公司，任何金融机构的借款人如果逾期还款，都会面临不同程度的违约金、信用记录受损、法律追究等风险，因此建议借款人还款时要规划好自己的资金流，避免出现逾期还款的情况。