一定要缴纳违约金。

根据《中华民族共和国合同法》第十九条规定，债务人未履行债务或者履行债务不符合约定的，应当承担违约责任。而小米公司与借款人之间的借款合同约定了还款时间和违约金条款，因此在借款人逾期还款九十天后，小米公司有权要求借款人缴纳违约金。

更进一步，根据《中华民族共和国民法通则》的相关规定，民事主体应当遵守诚实信用原则。借款人在签订借款合同时已明确知晓违约金条款，且在逾期还款九十天后仍未履约，不仅违背了双方当事人签订合同的初衷，也违反了诚实信用原则。

一些借款人可能抱有误解，认为小米公司就算要求缴纳违约金，他们也可以以各种理由拒绝或者推迟缴纳。事实上，若借款人不按照约定时间进行还款，小米公司有权采取各种法律手段进行追缴，包括但不限于催收、诉讼等。一旦法院判决借款人需承担违约金费用，借款人需要按照判决书的要求及时缴纳，避免再次引发法律纠纷。

总之，小米逾期还款九十天后是须要缴纳违约金的。在签订借款合同时，借款人应当清楚明白合同的各项内容，如还款时间、违约金条款等。如果遇到逾期还款情况，借款人应当及时与小米公司沟通并进行还款，避免拖延进一步加剧纠纷。